Symulacja danych z mapowania przez eksperymenty sekwencjonowania

Niedawne post¿py w technologiach sekwencjonowania nowej generacji (NGS) skróci¿y czas potrzebny na identyfikacj¿ mutacji w genetyce wyprzedzaj¿cej, jednym z g¿ównych sposobów charakteryzowania funkcji genów u ro¿lin. Metodologia stosowana do identyfikacji mutacji indukowanych przez mutageny fizyczne lub chemiczne w populacji mapuj¿cej jest znana jako mapowanie przez sekwencjonowanie. W¿ród ró¿nych technik wykorzystuj¿cych t¿ metodologi¿ wyró¿nia si¿ mapowanie nowej generacji (NGM), poniewä wymaga niewielkiej liczby mutantów w populacji mapuj¿cej. Jednak w opublikowanych pracach nie jest jasne, dlaczego parametry u¿yte do utworzenia populacji mapuj¿cej (liczba osobników, liczba mutantów, sposób krzy¿owania) i do sekwencjonowania (zastosowana platforma, metoda sekwencjonowania, pokrycie) zostäy wykorzystane w eksperymentach. Z tego powodu opracowano potok bioinformatyczny, który umo¿liwia symulacj¿ danych z eksperymentów wykorzystuj¿cych technik¿ NGM z modelow¿ ro¿lin¿ Arabidopsis thaliana, jedn¿ z najcz¿¿ciej badanych i sekwencjonowanych ro¿lin w literaturze.