Peptidomimetische bouwstenen

Een bekend voorbeeld van regulatoire RNA-eiwit interactie is het complex van TAR-RNA van HIV-1 en het virale eiwit Tat. Dit complex is belangrijk voor de efficiënte transcriptie van het virale genoom. Kennis van de principes van Tat tot TAR RNA herkenning moet het mogelijk maken om specifieke liganden te ontwerpen die als antivirale Tat antagonisten kunnen aanvallen. Het doel van dit proefschrift was de synthese van RNA-liganden voor vaste fase peptidesynthese (FPPS) op basis van heteroaromatische bouwstenen. De bindingsaffiniteiten van peptiden en kleine moleculen van de FPPS naar het TAR RNA van HIV-1 werden bepaald door fluorescentietest en fluorescentie correlatie spectroscopie (FCS). NMR-studies en moleculair dynamische berekeningen maakten het mogelijk om een conformationele verandering in TAR RNA te detecteren. Antivirale eigenschappen van peptiden en kleine moleculen werden bepaald door een HeLa P4 celtest. Een ander doel van het werk was het onderzoek naar het bindconcept en de antivirale eigenschappen van diaminopyrazolen en indazolen.