Modélisation insilico de l'homologie de la protéine d'enveloppe du virus de la tache annulaire de la papaye

Dans cette étude, la séquence de la protéine d'enveloppe a été analysée et modélisée afin d'explorer les propriétés et la structure du Papaya leaf curl virus, du Papaya Mosaic virus, du Papaya ring spot virus-P & W. Comme aucune information structurelle n'est disponible pour la majorité des séquences de protéines disponibles dans la Protein Data Bank, les méthodes de calcul pour la prédiction de la structure des protéines ont suscité un grand intérêt ces dernières années. Les propriétés physico-chimiques de la protéine étudiée ont été calculées. La grande moyenne de la valeur d'hydropathie (GRAVY), le pI, le coefficient d'extinction, l'indice aliphatique et l'indice d'instabilité ont été trouvés pour les quatre souches du virus de la papaye. Cela permet à la protéine d'avoir une meilleure interaction avec l'eau. La modélisation de l'homologie a été réalisée avec PHYRE2, ModWeband Swiss Model tool. Le modèle a été validé à l'aide du logiciel PROSESS, ce qui a permis d'obtenir un diagramme de Ramachandran pour la souche du virus de la papaye. Cette étude peut aider à comprendre la fonction de la protéine, le nombre et les types d'épitopes, les portions immunogènes, et l'aptitude à la production d'anticorps, les études taxonomiques, les études d'évaluation et les diagnostics de virus.