Methoden zur SH2-Bindungsvorhersage

Src-Homologie-2-Domänen (SH2) sind ca. 100 Aminosäuren lange Peptid-Bindungsmodule, die an verschiedenen therapeutisch relevanten zellulären Prozessen beteiligt sind. Die Identifizierung der spezifischen Wechselwirkungspartner einer SH2-Domäne ist von elementarer Bedeutung für das Verständnis ihrer biologischen Funktion und für eine zuverlässige Bestimmung ihrer Angriffsziele. Für diese Arbeit wurde eine Evaluierung der SMALI(scoring matrix-assisted ligand identication)-Algorithmen auf einer erweiterten Menge von 120 SH2-Domänen durchgeführt. Dabei fanden experimentell bestimmte SMALI-Matrizen für 76 Domänen Verwendung zur Vorhersage der Matrizen für die restlichen 44 Domänen. Für die Vorhersagen wurden eine Analyse der Homologie der SH2-Domänen sowie eine Strukturanalyse der 3D-SH2-Domäne-Ligand-Komplexe zur Bestimmung der mit Liganden interagierenden Positionen der SH2-Domänen durchgeführt.