Kataliza 5'-monofosforanu orotydyny

Jako model oddziäywä obecnych w miejscu aktywnym dekarboksylazy orotydyno-5'-monofosforanowej (ODCase) zbadali¿my skutki destabilizacji substratu przez pobliski ¿adunek ujemny i stabilizacj¿ karboanionowego zwi¿zku po¿redniego, z powodu wi¿zä wodorowych z grupami karbonylowymi ( O-2 i O-4) kwasu orotowego i produktu jego dekarboksylacji, z wykorzystaniem oblicze¿ ab initio. Wyniki z tych modeli by¿y porównywalne z dost¿pnymi danymi, co sugeruje, ¿e wielko¿¿ wzmocnienia szybko¿ci dekarboksylacji zale¿y od kombinacji odleg¿o¿ci ¿adunku i efektów wi¿zania wodorowego. Stwierdzili¿my, ¿e moment dipolowy donora protonów mo¿e równie¿ odgrywä znacz¿c¿ rol¿, co sugeruje, ¿e klucz do reszty katalizy le¿y w specyficznych interakcjach substratu i otaczaj¿cych go reszt.