Inzicht in Tertiaire Interacties in Eiwitstructuren

Driedimensionale structuren van eiwitten zijn de ondersteuning van hun biologische functies. Hun plooien worden gestabiliseerd door contacten tussen resten. Binnenste eiwitcontacten worden over het algemeen beschreven door directe atoomcontacten, terwijl contactvoorspellende methoden voornamelijk gebruikt worden inter-C¿ afstanden. Tijdens het proces van eiwitvouwing, de aminozuurresiduen langs de polypeptideketen interageren met elkaar op een coöperatieve manier om een stabiele inheemse structuur te vormen. de kennis over interresiduele interacties in eiwitstructuren is nuttig om het mechanisme van eiwitvouwing en -stabiliteit te begrijpen. het geeft waardevolle inzichten voor het begrijpen van eiwitvouwing en de novo eiwitontwerp. ik analyseerde eiwitcontacten op een hoge kwaliteit niet redundante pdbs getrokken uit een eiwitdatabank met behulp van verschillende criteria. Ik heb het gemiddelde aantal contacten berekend, afhankelijk van de afstandsdrempel, om zo een contact te definiëren. Gedetailleerde analyses zijn gedaan met betrekking tot de nabijheid van de contacten in de volgorde, de grootte van de eiwitten en de vouwklassen.