Identificación de nuevos fármacos mediante un enfoque de acoplamiento molecular

El acoplamiento molecular es un método computacional para estudiar la formación de complejos intermoleculares de un ligando de molécula pequeña (fármaco principal) con una macromolécula, que suele ser una proteína (fármaco diana) de estructura tridimensional conocida. Pueden distinguirse cuatro tipos diferentes de interacciones entre las moléculas: 1) proteína-proteína; 2) proteína-ADN; 3) ADN-ligando y 4) proteína-ligando. En los últimos años, la disponibilidad de estructuras tridimensionales (3D) de muchas dianas farmacológicas macromoleculares (proteínas) y el rápido avance de la química computacional y la bioinformática, tanto in vitro como in silico, sirven de nueva plataforma para el desarrollo y la exploración de métodos computacionales modernos. Cuando se conoce la estructura 3 D de la diana macromolecular, el diseño de la biblioteca computacional puede personalizarse para adaptarse a la geometría del sitio de unión. Además, identificar los sitios de unión y las interacciones proteína-ligando mediante herramientas bioinformáticas antes de aventurarse en estudios de laboratorio húmedo ahorra energía, tiempo y dinero de forma considerable.