Genomsequenzierung mittels Ion Torrent PGM-Plattform

Die Zersetzung von abgestorbener Biomasse ist eine essentielle Aufgabe in der Natur und stellt die Grundlage für neue Nährstoff-Ressourcen dar. Neben Bakterien gelten Pilze als wichtige Destruenten im Ökosystem. Der Abbau von Holz in temperaten Wäldern wird dabei vorrangig von Basidiomyzeten durchgeführt. Im Rahmen dieser Arbeit wurde das Genom des holzabbauenden Basidiomyzeten Mycena epipterygia sequenziert und annotiert. Um den Mechanismus des enzymatischen Abbaues von Holzmaterial charakterisieren zu können, lag der Fokus dieser Arbeit auf der Identifizierung ausgewählter sekretorischer Proteine. Insbesondere wurden ligninolytische Enzyme betrachtet. Diese Daten sind für medizinische und therapeutische Forschungsbereiche, in der Umweltbiotechnologie zur ökologischen Reinigung von Umweltverschmutzungen oder der Herstellung von Biokraftstoffen bedeutend. Das Genom von M. epipterygia wurde in dieser Studie erstmals untersucht. Zur Auswertung der Genomdaten wurde aktuelle bioinformatische Software genutzt. Die Ergebnisse wurden unter Verwendung internationaler Datenbanken mit ausgewählten Pilzen verglichen.