Genetische diversiteit in populaire rijstvariëteiten van India

De genetische diversiteit van 25 verbeterde variëteiten en vier traditionele variëteiten werden gekarakteriseerd met behulp van een set van 20 goed gekozen en polymorfe microsatelliet (SSR) primerparen. De gebruikte SSR-markers waren polymorf (100,0%) en genereerden de betrouwbare informatie over de verwantschap van de variëteiten. Hoge waarden van polymorfisme verkregen in de karakterisering werden toegeschreven aan de hypervariabiliteit van de microsatelliet markers. Onder de populaire variëteiten werd een gemiddelde genetische overeenkomst van 0,38 waargenomen, wat wijst op de grote diversiteit van de populaire variëteiten. Clusteranalyse op basis van 87 SSR-marker allelen groepeerden 29 genotypen in twee grote clusters. De eerste grote cluster bestond uit 9 genotypen van traditionele rassen en vroeg verbeterde rassen. De tweede grote cluster bestond uit 20 verbeterde variëteiten met een complexe stamboom en verschillende recombinaties. De belangrijkste componentanalyse bracht vier clusters aan het licht, waarvan één cluster zeven genotypen bevatte van regenachtige, ondiepe landecosystemen, wat suggereert dat de groepering gebaseerd was op fysiologische kenmerken. Er werden unieke allelen gegenereerd voor 14 variëteiten, die als moleculaire tags kunnen worden gebruikt.