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FPGA Implementation of the FM-Index String Matching algorithm

FPGA Implementation of the FM-Index String Matching algorithm

von Edward Bryann Fernandez
Softcover - 9783639702781
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Beschreibung

This book discusses the research processes of developing a hardware implementation of a string matching algorithm. The first phase of the research is qualifying the appropriate algorithm for the application of DNA sequence matching. The second phase is re-inventing the algorithm to make it suitable for a hardware implementation. The third phase is implementing the chosen algorithm using FPGAs. The last phase is measuring performance using real data sets for comparison to other known tools. Our implementation shows a real time speedup up of up to 70x against BOWTIE, a known tool used in sequence matching.

Details

Verlag Scholars' Press
Ersterscheinung 16. November 2013
Maße 22 cm x 15 cm x 0.9 cm
Gewicht 227 Gramm
Format Softcover
ISBN-13 9783639702781
Seiten 140

Schlagwörter

Genetik (nicht-medizinisch)