Diversité génétique dans les variétés de riz populaires de l'Inde

La diversité génétique de 25 variétés améliorées et de quatre variétés traditionnelles a été caractérisée à l'aide d'un ensemble de 20 paires d'amorces microsatellites (SSR) bien choisies et polymorphes. Les marqueurs SSR utilisés étaient polymorphiques (100,0 %) et ont généré des informations fiables sur la parenté des variétés. Les valeurs élevées de polymorphisme obtenues lors de la caractérisation ont été attribuées à l'hypervariabilité des marqueurs microsatellites. Parmi les variétés populaires, la similarité génétique moyenne de 0,38 a été observée, ce qui indique la grande diversité des variétés populaires. L'analyse des grappes basée sur 87 allèles marqueurs SSR a permis de regrouper 29 génotypes en deux grandes grappes. Le premier grand groupe comprenait 9 génotypes de variétés traditionnelles et de variétés améliorées précoces. Le second groupe principal était constitué de 20 variétés améliorées de pedigree complexe et de plusieurs recombinaisons. L'analyse de la composante principale a révélé quatre groupes, dont un comprenait sept génotypes issus de l'écologie des terres peu profondes en culture pluviale, ce qui suggère que le regroupement était basé sur des caractéristiques physiologiques. Des allèles uniques ont été générés pour 14 variétés, qui peuvent être utilisés comme marqueurs moléculaires.