Comprensione delle interazioni terziarie nelle strutture proteiche

Le strutture tridimensionali delle proteine sono il supporto delle loro funzioni biologiche. le loro pieghe sono stabilizzati da contatti tra i residui. contatti proteici interni sono generalmente descritti attraverso contatti atomici diretti, mentre i metodi di previsione di contatto principalmente utilizzato inter-C¿ distanze. Durante il processo di ripiegamento delle proteine, i residui di aminoacidi lungo la catena polipeptidica interagiscono tra loro in modo cooperativo per formare una struttura nativa stabile. La conoscenza delle interazioni tra i residui nelle strutture delle proteine è utile per capire il meccanismo di ripiegamento delle proteine e la stabilità. Ho calcolato il numero medio di contatti a seconda della soglia di distanza per definire un contatto.Sono stati evidenziati i contatti preferenziali tra i tipi di amminoacidi. Sono state fatte analisi dettagliate sulla vicinanza dei contatti nella sequenza, la dimensione delle proteine e le classi di piega, sono state estratte le differenze più forti, evidenziando i residui importanti.