Catalisi di orotidina 5'-monofosfato

Come modello per le interazioni presenti nel sito attivo dell'orotidina-5'- monofosfato decarbossilasi (ODCasi), abbiamo studiato gli effetti della destabilizzazione del substrato da parte di una carica negativa vicina e la stabilizzazione del carbanione intermedio, dovuto ai legami idrogeno ai gruppi carbonilici ( O-2 e O-4) dell'acido orotico e del suo prodotto di decarbossilazione, utilizzando calcoli ab initio. I risultati di questi modelli erano comparabili con i dati disponibili, suggerendo che l'entità dell'aumento della velocità di decarbossilazione dipende da una combinazione della distanza di carica e degli effetti del legame idrogeno. Abbiamo scoperto che anche il momento di dipolo del donatore di protoni può svolgere un ruolo significativo, implicando che la chiave per il resto della catalisi risieda nelle interazioni specifiche del substrato e dei residui circostanti.