Software para el diseño de microarreglos específicos

Se desarrolló el Programa de Selección de Sondas: PSS, un programa capaz de diseñar parcial o totalmente microarreglos específicos con el fin de identificar organismos que sean muy semejantes entre ellos. Se eligió como modelo biológico el virus de papiloma humano (HPV) dada su implicación en el desarrollo de cáncer y la alta semejanza entre sus diferentes tipos y subtipos. Se seleccionó el lenguaje Perl por su orientación al manejo de datos biológicos y por su gran potencial en minería de datos. La entrada de este programa es una huella genómica. Las que se usan en este trabajo fueron generadas utilizando un simulador de hibridaciones en microarreglos pero cualquier tabla de resultado de microarreglo (in vitro o in silico) puede utilizarse como alimentación. Se utilizaron más de 100 tipos virales de HPV para diseñar y probar el PSS. Utilizando el PSS se seleccionaron las sondas óptimas para un microarreglo específico para HPV. Obtuvimos 200 sondas específicas para los virus de alto riesgo y 139 sondas para los virus de bajo riesgo. También se seleccionaron sondas específicas para algunos tipos virales como HPV16 (30 sondas), HPV18 (40 sondas), HPV31 (35 sondas), HPV35 (36 sondas)