Programmed Alternative Reading of the Genetic Code

rogrammed +1 Frameshifting . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 41 The pifE Gene of E. coli . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 41 Using the pifE System to Study General Frameshifting in E. coli . . . . . . . . 46 Ty Retrotransposons in Yeast . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 47 Frameshifting in Retrotransposon Ty1 Occurs by tRNA Slippage . . . . . . . 48 Frameshifting in Retrotransposon Ty3 Occurs by Out-of-Frame Binding of tRNA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 51 The Rat Ornithine Decarboxylase Antizyme Gene . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 56 Summary . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 62 5. Programmed -1 Frameshifting in Eukaryotes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 69 Programmed -1 Frameshifting in Eukaryotes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 69 -1 Frameshifting Occurs on a "Slippery Heptamer" . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 71 The Simultaneous-Slippage Model . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 72 of -1 Frameshifting by a Downstream Pseudoknot . . . . . . . . . . 77 Stimulation Does the Pseudoknot Only Block Passage of the Ribosome? . . . . . . . . . . . . . . . 79 Not All Pseudoknots Which Cause Ribosomes to Pause Can Stimulate -1 Frameshifting . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 8