DE COMPLEXITEIT VAN HET TRANSCRIPTOOM VAN ZOOGDIEREN TE KARAKTERISEREN

In mijn proefschrift beschreef ik een grootschalige RT-PCR- en kloneringspijplijn die ik ontwikkelde om enkele duizenden lange cDNA-klonen van zoogdieren (voornamelijk mensen en muizen) te verkrijgen voor de NHGRI/NCI Mammalian Gene Collectie. Op dat moment waren de lagen van de zoogdiertranscriptoomcomplexiteit nog niet volledig uitgekristalliseerd. In dit project was ik diepgaand betrokken bij strategische en conceptuele vraagstukken bij het karakteriseren van transcriptoomcomplexiteit vanuit verschillende niveaus. Met behulp van de RT-PCR-pijplijn in combinatie met genvoorspellingsalgoritmen die gebruik maken van vergelijkende genomische informatie, hebben we met succes nieuwe zoogdiergenen geïdentificeerd en experimenteel geverifieerd, zoals full-length rattenhomologs van menselijke ziektegenen. Verder heb ik transcriptoomcomplexiteit bestudeerd, waaronder SNP's en alternatieve splitsing in leukemiemiemonsters met behulp van kwantitatieve PCR, en we hebben een technologie voor sporenanalyse ontwikkeld om meerdere alternatieve gesplitste transcripten in één enkele sequencingreactie te identificeren. Mijn resultaten suggereerden dat alternatieve gelede transcripten kankertype-specifieke up- of down-regulatie laten zien, en de verhouding van alternatieve gelede isovormen kan ten grondslag liggen aan het kankermechanisme.