CARACTERIZAN LA COMPLEJIDAD DEL TRANSCRIPTOMA DE LOS MAMÍFEROS

En mi tesis doctoral, describí un proyecto de RT-PCR y clonación a gran escala que desarrollé para obtener varios miles de clones de ADNc de mamíferos (principalmente humanos y ratones) para el esfuerzo de recolección de genes de mamíferos del NHGRI/NCI. En ese momento, las capas de la complejidad del transcriptoma de los mamíferos aún no estaban completamente concebidas. En este proyecto, estuve profundamente involucrado en cuestiones estratégicas y conceptuales para caracterizar la complejidad de los transcriptomas desde diferentes niveles. Utilizando la tubería de RT-PCR combinada con algoritmos de predicción de genes que utilizan información genómica comparativa, identificamos con éxito y verificamos experimentalmente nuevos genes de mamíferos, como los homólogos de rata de longitud completa de los genes de enfermedades humanas. Además, estudié la complejidad de los transcriptomas, incluidos los SNP y el empalme alternativo en muestras de leucemia mediante la PCR cuantitativa, y desarrollamos una tecnología de análisis de trazas para identificar múltiples transcripciones alternativas empalmadas en una única reacción de secuenciación. Mis resultados sugirieron que los transcritos empalmados alternativos muestran una regulación ascendente o descendente específica del tipo de cáncer, y la proporción de isoformas empalmadas alternativas puede subyacer al mecanismo del cáncer.