CARACTÉRISER LA COMPLEXITÉ DU TRANSCRIPTOME DES MAMMIFÈRES

Dans ma thèse de doctorat, j'ai décrit une RT-PCR à grande échelle et un pipeline de clonage que j'ai développé pour obtenir plusieurs milliers de clones d'ADNc de mammifères (principalement des humains et des souris) pour l'effort de collecte de gènes de mammifères du NHGRI/NCI. À cette époque, les couches de la complexité du transcriptome des mammifères n'étaient pas encore entièrement conçues. Dans ce projet, j'ai été profondément impliqué dans les questions stratégiques et conceptuelles de la caractérisation de la complexité du transcriptome à différents niveaux. En utilisant le pipeline RT-PCR combiné à des algorithmes de prédiction des gènes qui utilisent des informations génomiques comparatives, nous avons réussi à identifier et à vérifier expérimentalement de nouveaux gènes de mammifères tels que des homologues de rats entiers de gènes de maladies humaines. En outre, j'ai étudié la complexité des transcriptomes, y compris les SNP et l'épissage alternatif dans des échantillons de leucémie en utilisant la PCR quantitative, et nous avons développé une technologie d'analyse de traces pour identifier plusieurs transcrits épissés alternatifs en une seule réaction de séquençage. Mes résultats suggèrent que les transcriptions épissurées alternativement présentent une régulation ascendante ou descendante spécifique au type de cancer, et que le rapport des isoformes épissurées alternativement peut être à la base du mécanisme du cancer.